印紙税法において、課税対象となる文書は「用紙等に作成された文書(紙の原本)」と定義されているためです。
国税庁のガイドラインでも、「請求書や領収書をファクシミリや電子メールにより提出する場合には、実際に文書が交付されませんから、課税物件は存在しないこととなり、印紙税の課税原因は発生しません」と明記されています。
参考:
国税庁ウェブサイト(コミットメントライン契約に関して作成する文書)
したがって、当サービスで作成したPDF形式の領収書を、メール送信やWebダウンロードで相手に交付する限り、金額が100万円であっても収入印紙を貼る必要はありません。